二战结束后,世界分成了2个部分---东方与西方,标志着冷战的开始
　　
　　苏联成功的发射了第一颗卫星,而作为其导弹核心技术的掌管者正是一名叫Sokolov的科学家.他本人对于自己所发明的武器所给人类带来的危害而感到日渐良心不安,于是离开了苏联而逃到柏林墙以西寻求庇护.
　　
　　两年后爆发举世震惊的古巴导弹危机,苏联答应从古巴撤走核导弹,其真正交易条件是要求西方国家归还Sokolov.(只有拥有了Sokolov就等于拥有了最先进的武器技术)
　　
　　Sokolov从医院被人强行带回苏联,妻离子散,他暗中发出请求美国能够救回他.
　　
　　根据线人提供的情报,Sokolov被关押在苏联边境丛林中的一个废旧研究基地
　　
　　一名叫做Jack的美国士兵,被授予单独执行这次营救行动,codename为"Snake",空降地点是"处女崖",行动代号为"贞结行动".时间限制是4小时.负责提供信息帮助的是上司---Tom上校,女医疗保健人员--Paramedic,另一个是一位特别的女性,传授Snake一切格斗术和枪术的老师----The boss
　　
　　The boss告诉Snake自己现在正在执行一项最高机密任务,所以现在并不和他们在一起,只是通过无线电给予信息帮助
　　
　　Paramedic告诉Snake自己并不是害怕丢掉自己的医学学位才参与这次行动的,真正的原因是她对Snake很仰慕,所以特地来关注他
　　
　　Paramedic开始对Snake讲解丛林生存的一切要领,包括如何取食和非常详尽的生物讲解,Snake耐心的听完后,上校无意间透露Paramedic曾经有个"Quack"的绰号,意思大约就是象鸭子那样话匣子打开就关不上.对此Paramedic感到又气恼又尴尬.
　　
　　Snake穿过从林,沼泽,终于在废基地找到了科学家Sokolov.这时Snake联系The boss时,发现对方没有应答,Tom上校也表示他们也和她失去了联系,可能是暂时信号不好的原因.
　　
　　Sokolov告诉Snake关押他的人正式目前苏联机构KGB,直属与苏联最高领导人赫鲁晓夫.而和KGB作对的机构GRU,则是最近苏联崛起的另一派力量,领头人是一名可以随意操纵雷电的人----Volgen . Volgen 最近正在招募力量,意图夺取政权,所以肯定也不会放过他的,请求Snake赶快把他救回美国.
　　
　　两人刚从屋里出来,就被一群KGB守卫士兵包围,这时候GRU机构的上校Ocelot登场了.上头派他来的目的正是抢夺Sokolov,于是一场黑吃黑的大戏上演了.在解决了KGB士兵后,Ocelot对自己的对手不是预想中的The boss感到略有失望,但令他没想到的是,Snake使用CQC技术瞬间就制服了他,在晕过去之前,他略感欣慰的是Snake承认他刚才耍枪那几下子确实漂亮.
　　
　　Snake带着Sokolov返回途中,Sokolov告诉Snake自己正在被迫开发一种新型合金装备--SHAGOHOD 最大优势就是搭载核发射装置,射程最远达6000里,由此可以打向美国任何一个地方,而且由于其隐蔽性和机动性还不会被雷达系统发现,一旦发明成功后果不堪设想.而目前第一阶段实验已经完成.
　　
　　返回吊桥的途中,Snake惊讶地遇见了自己的老师The boss ,The boss告诉Snake她已经投靠了苏联,投靠了Volgen,这样就可以和自己曾经的战友眼睛蛇部队又在一起了.而给新东家的见面礼就是Sokolov和两枚小型核导弹.
　　
　　Volgen询问The boss为何不也带上Snake一起投奔过来,The boss说Snake还太嫩,不配做为眼睛蛇部队的一员.因为Snake已经看到了Volgen的脸,Volgen打算不留活口下杀手的时候,The boss制止了他,要求由她来动手.两人交手中The boss打折了Snake的手臂,接着把他摔下了吊桥.跌进了河谷.

　　Snake快要到达洞穴的出口,却遇见了眼镜蛇部队成员之一--"the pain",原来刚才那一群马蜂就是他操纵的,接着一场战斗开始了,Snake没费多少工夫就打败了他.
　　
　　Snake走出了洞穴,穿过了一片水洼,到达了一处基地设施,终于发现了Sokolov,但此时Volgen等一干人正在一旁,Volgen用电折磨了一番Sokolov的情人Tantyala后,The boss来了,告诉Volgen赶快加紧这里的守卫强度,因为她刚刚得到消息,自己的部下The pain已经被Snake干掉了,Volgen闻言愤怒之下打烂了墙壁.接着押着Sokolov赶快转移了.
　　
　　Paramedic来电又同Snake聊起了电影,Snake奇怪为什么她会单人一人看这些女孩本来不怎么敢看的片子,Paramedic说是别人邀请她看的,并承认这是一个约会,那个男孩恳求她等他的伤好了就陪他一起看那部片子,Snake询问那个男孩现在怎么样了,Paramedic回答说他已经不幸死了,之后两人都陷入了沉默.....
　　
　　Eva来电告诉Snake,离这里不远有一处研究楼,他们应该会把Sokolov转移到那里去的,接着向北走就可以到达.
　　
　　Snake突破了基地设施,继续向前走,接着又是一片丛林,这里有很多毒蛇出没,陷阱密布.只有步步小心.为了给Snake解闷,Paramedic开始给他讲解各种蛇类小知识,突然她意识到自己在形容蛇的时候居然用上了"可爱"这个词汇,连她自己都不相信,Snake问她怎么了,Paramedic说一个正常的女性见到蛇应该大声尖叫和恐惧才对,怎么自己居然这么不正常的用上了那个形容词,Snake故意反问说难道你始终认为你是一个"正常"的女性吗?Paramedic无语....
　　
　　终于到达了Eva所说的研究楼,这里Snake 装扮成一名研究员成功的找到了Sokolov所在的房间,但令他意外的是,找到的不是Sokolov,而是另一名军事武器科学家 Glanin,Glanin说自己曾经也是为GRU提供军事武器开发,不过当权者最后放弃了他的策划,,而选择了Sokolov,就因为该死的Sokolov,他失去了当权者的资金投资,自己一切研究计划都泡了汤.而本来他要进行的是一项伟大的研究---这其中最绝的创意要是要让自己设计的武器有自己的"双腿",这样就可以象人一样无视任何障碍具有超强的机动力了.在他的草图中,Snake看到了未来的"合金装备"的影子. Glanin说他自己这辈子都从事武器研究,但是最后当局者却不顾他的反对试图在他的武器装置中加入核能量发射装置,因此他最终发现科学家只不过是被利用的政治工具而已,他所发明的这些东西丝毫不能造福人类,只有带来战争和不幸,他厌倦了这种生活,但也无可奈何,只有每天在那里借酒浇愁.

　　Snake告诉他现在就要去找Sokolov了,而且他也不容许SHAGOHOD这种危害人类的武器存在,作为帮助,Glanin给了他一把可以打开基地设施曾经锁着的一扇门的钥匙----理由是Snake夸了他的鞋子很漂亮.
　　
　　返回基地设施的从林途中,Snake遇见了眼镜蛇部队成员之二----The fear.经过一番苦战,Snake打败了这个会隐身的棘手家伙.
　　
　　Snake的"旅途"中,Paramedic又来跟他讲话解闷了,这次他们谈到的是OCELOT这个人,Paramedic说OCELOT是美国边境地带一种野生的山猫的名字,她对一个俄罗斯人却取着美国的一种豹猫代号感到不解,Snake猜测可能他的本意就是形容他的动作象猫一样敏捷
　　
　　武器专家Sigint来电询问Snake关于Eva使用的左轮手枪的事,根据他的了解,那种枪是基于中国制造的"毛瑟"而改良而来, 使用方法比较特别,令他不解的是为什么一个西方女人会那么熟练地使用中国制造的武器.
　　
　　Snake返回基地设施,利用Glanin给他的钥匙打开了一扇锁着的门,继续前进的时候,Eva来电了,要他小心,因为前方有一名眼镜蛇部分成员The end在等着他.那是一名狙击手,为了等待目标可以在同一个地方保持一动不动,耐力惊人.将是一场艰苦的持久战.Snake表示自己年轻,拼耐力肯定获胜,Eva警告他不可大意,The end是白天狙击技术的创始人,The boss的狙击技术都是他传授的,而且他还拥有不可思议的自然力,可以采集"大地之灵气"来补充体力.所以还是要小心为上
　　
　　Snake遭遇了The end,经过一番拼毅力的斗争,终于击败了他.此时Eva来电,告诉Snake,穿过这片丛林,可以到达一个隧道,然后,从隧道的梯子开始登山,她在山顶和他再接头.
　　
　　在路上,Snake询问Eva此时这段时间她在干吗,Eva却反问Snake你想我此刻正在做什么,Snake说就是因为不知道所以才问你现在在干吗,EVa再次反问Snake为什么想知道我现在在干吗,Snake有点生气了,叫EVa能不能不反问他的提问,Eva却惊讶得问Snake是不是疯了干吗发火,Snake悻悻得关掉了无线电
　　
　　到达隧道,爬上梯子,躲过敌兵的监视,Snake成功的到达了山顶和Eva接头的小屋.
　　
　　Snake到达的时候,Eva正在换衣服,Snake惊讶的见到她满身都是伤痕,Eva说这是Volgen虐待的结果,他就是这么一个**狂.Snake这时指着一条芭痕询问由来,说这条伤痕跟别的不一样,它明显要早得多,EVa轻描淡写的敷衍了几句,并责怪Snake不敢问这么多,因为"一个女孩应该有她自己的一点隐私"
　　
　　Eva询问Snake有没有爱人,Snake说自己对别人的生活不感兴趣,Eva说Snake却对The boss怀有独特的感情,应该是爱上她了.Snake却说那并不是爱,而是一种特别的情感,象爱人又向恩师,自己的一半是属于The boss的,Eva表示自己实在不能理解一个男人跟一个女人之间除了爱或者恨以外还有第三种感情.
　　
　　远处一声轰鸣打算两人的谈话,二人来到外头,Snake终于从山顶俯瞰到了GRU的整个军事研究,实在是庞大无比,存放着无数的武器弹药,当然还包括那可怕的SHAGOHOD.  Eva表示时间不多了,自己又要赶回GRU那边,于是驾驶着摩托飞越山涧驶向了基地.
　　
　　Snake从望远镜仔细的观察整个基地,这时他居然看见了Volgen,原来Volgen已经知道他们中间有间谍了,他怀疑是 Glanin,于是把他塞进油桶里用电严刑拷问,年迈的Glanin,经不了几下就晕死了过去,Volgen从他鞋跟下找到一个秘密无线电接收装置,说这就是间谍的证据.这时候tantyala悄悄的走了过来, OCELOT质问她刚才跑哪去了,皮靴都弄破了,这时候Snake从望远镜里注意到原来tantyala就是Eva,因为刚才他见到Eva换衣服时穿的正是那双有点磨破的皮靴.OCELOT围着tantyala转了几圈,说他好象在哪里曾经闻过这股香水味.怀疑她才是真正的间谍
　　
　　正当tantyala战战兢兢的时候,The boss来了,告诉Volgen她的眼镜蛇部队已经死了3个,全是Snake干的,而且她预感Snake马上就会来到这里,叫上校把这里的警戒再加强一些.对于手下的死Volgen愤怒得无以复加,咆哮着Snake的真正目的肯定是来抢夺保存在他这里的晶片--"哲人计划"(抱歉这个我实在无法准确理会).此语一出,The boss, OCELOT,tantyala都把目光集中到了这块晶片上,原来20世纪初,苏联,美国和中国这三个国家的实权派有一个秘密集会,为了控制整个世界,世界各地都有他们所安排的"哲人",也就是他们四处安排的精英部队.这个晶片里包含了无数的军事机密,只要拥有了它,就等于拥有无穷的军事力量,经过了几十年的变迁,秘密组织的最初成员都已物是人非,而他的父亲恰巧是哲人之一,因此他才得知这个秘密,而目前凭借着他的财富和目前掌握着的军权,加上这块晶片,只要SHAGOHOD完成,就没人是他的对手!所以这块晶片无论如何都绝对不能让别人从他这里夺走!!
　　
　　Snake从山道下山,拿着Eva给他的一个钥匙,打开一扇门开始前往GRU的军事总基地.这时Paramedic来电聊起了刚才Eva送给Snake那两袋日本产的方便面的话题.她告诉Snake那种方便面富有多种营养,而且保存期长,方便食用.并问Snake会不会吃,Snake说既然你都说它们这么好我当然要自己吃了,干吗问这个,Paramedic支吾着回答说如果你不吃,就带回来留给我.Snake突然意识到Paramedic好象对日本了解得很多,他的印象就只停留在日本的女人好象很苗条的样子,Paramedic骄傲得说日本是一个很不错的国家,她很喜欢

　　在途中,Snake终于遇见了眼镜蛇部队另一人----带有喷火装置的The fury.再次经过苦战胜利后,The fury 喃喃的说"The boss...  现在就只剩你一人了,我现在就要去了,要和Sorrow在一起了......"接着自爆身亡
　　
　　Snake到达军事基地,这里戒备很严,Eva告诉他Sokolov被藏在西栋,而想进入西栋,必须经过东栋,那里只有高级军官才能进入,所以Snake必须化装成他们自己人才行,这时候她告诉Snake可以化装成一个叫做 "Raikov" 上校的家伙,那家伙身分很高,可以自由进出那边
　　
　　Snake成功的打晕了Raikov,剥走他的衣服,戴上面具.化装成了他的样子.Eva来电表示赞许,说伪装简直象得连他妈都分辨不出,而且Snake可以为所欲为,Snake询问当面揍那些家伙的脸可以吗?Eva说可以,因为那个家伙本来就是一副爱随便打人的德性.
　　
　　Snake顺利得来到了关押Sokolov的房间,意外的发现Eva也在这里,而且从Sokolov手中拿走了一个资料磁盘.躲开Eva以后,Snake见到了Sokolov,Sokolov却说Snake来得太晚了,SHAGOHOD第二阶段也已经彻底完成,而且他已经没有利用价值了,随时可能被杀掉灭口,Volgen大佐的野心已经没人能阻挡了.Snake却说现在还来得及,成品就一台,趁SHAGOHOD还没量产前赶快摧毁它,接着炸毁整个基地,还可以挽回局势.
　　
　　此时Volgen突然进来了,原来他是双性恋,他的男情人正是Snake化装的Raikov!一切都逃不过他的眼睛,但他没想到Snake的CQC威力巨大,一下居然将他摔倒在地,但是这时The boss又来了,面对自己的老师,Snake再次败北,被制服后,Volgen狠狠地把Snake打晕了过去
　　
　　Snake醒来发现自己被吊了起来,一顿痛打拷问之后,Snake从身上掉出了无线电定位系统晶片,Volgen拾起来询问这是哪来的,众人面面相觑.危急关头The boss承认这是她偷偷安在Snake身上的,这样她才能暗中掌握Snake的行动路线.Volgen要The boss亲手挖掉Snake的一只眼睛.正当The boss下手的时候,Eva抱住了她,恳求她不要下手.OCELOT此时发话了，说他终于明白了,Eva就是真正的间谍,因为她处处袒护Snake,还有那股熟悉的气味.他以前想不起来,现在想起来了那不是香水而是汽油的味道,这么说来她就是自己曾经遇见的骑摩托的女性了.Eva极力否认的时候,OCELOT决定要用左轮枪的"Russianshow"(一种类似于俄罗斯圆盘的赌命方式)来裁决她是不是清白的,危机时刻Snake瞅准了装有子弹的那只真枪,用头撞向OCELOT,而那颗子弹偏离方向刚好射向了Snake的脸,打瞎了Snake的右眼.Eva失声痛哭,The boss则顺势打了OCELOT一个耳光,这场拷问总算结束了

　　The boss临走将一课装有假死药的子弹射进了Snake的腿,并悄悄地叫Snake自己逃掉.
　　
　　Snake在牢房里给Paramedic通信,叫她讲点什么好分散疼痛的注意力,于是Paramedic给Snake讲起了一部电影,讲述的是一名囚犯被关进了集中营,但他没有始终没有放弃越狱的念头,因为他的战友答应必定会来救他的,在他被关押的日子,为了尽一切力量存活下去,为了生存他什么都吃,最后