第二幕标题是Solid Sun，这一章中，Naomi被故意用作诱饵把斯内克--Solid Snake引诱到Ocelot的控制之中，并通过一场看似温馨充满了关爱的体检，获得了Solid Snake的基因和生体特征。可惜这次试验又失败了，如果不是雷电的献身相救，结果还不知道会多么的糟糕。失败的原因在MGS中就有所交待：Solid和Liquid都是Big Boss的不完全克隆，他们的基因是在Big Boss的基因的基础上选择重排过的，唯一和Big Boss完全一样的，是那个第三克隆：Solidus。Ocelot的下一个目标自然就成了寻找被Eva保护着的Big Boss的活尸。

　　第三幕标题，Third Sun，小岛从一开始就明确了Eva所保护的，并不是Big Boss本人，而是第三克隆。透过半透明的保护膜玩家也可以看到那个活尸所带眼罩的位置和Big Boss是相反的。不过这不要紧，毕竟第三克隆用来作为生物密码打开通向SOP的通道这个功能和Big Boss 本人是完全一样的。于是我们在章节的末尾看到麦箩的特种小队和大量的军队在终于掌控了SOP的Liquid-Ocelot面前如同一堆玩偶，除了束手待毙没有任何的反抗的可能。这么一来Eva纵身火海要和Solidus同生共死的感情似乎有些勉强，毕竟Solidus不但和曾经与Eva经历过爱情的Big Boss无法相提并论，Eva在向斯内克说明他的身世的时候，甚至都没有交代她究竟是否Solidus的生母。无论如何，这时的Ocelot只剩下一件事情要做了--从物理上摧毁爱国者AI的最高掌控核心JD。所有的现代化核武器依然处在AI的控制之下，他的唯一选择，是利用古老的REX上的轨道枪发射核弹头。

　　第四幕标题，Twin Suns，这个标题完全可以看作是MGS在GC上重制的标题的改写，在同样的场景下讲述的同样是Solid和Liquid这对克隆兄弟之间的故事。等到斯内克重新回到当年和REX决战的场地的时候，发现轨道枪早已被移走。Vamp和Naomi在这里准备结束各自的故事，结束他们一直以来用纳米机器维持着的脆弱的生命。Vamp没有了纳米机器维持的修复能力，最终败倒在雷电的利刃之下--小岛曾经在采访中说过他一定会给Vamp的不死一个交待，就如同他一定要给Liquid是如何通过一个胳膊寄生在Ocelot身体上一个交待一样，不过相比之下，对于Vamp的解释显然不如对于Liquid-Ocelot的解释来的可信。Naomi在得知了Sunny完成了她所不能完成的病毒程序之后，终于得以放下心中的愧疚和负担，也可以撒手而去了。然而斯内克的任务还没有结束，轨道枪和被Liquid劫持的GW需要被摧毁，而它们现在都在那个看来似乎无法突破的Outer Heaven堡垒上。

　　第五幕，Old Sun，老蛇的最终的挑战。无论斯内克、雷电、麦箩（加上那个帅气直逼年轻斯内克的Akiba）、美零等人如何努力，Outer Heaven堡垒的确是不可攻克的。MGS4整个游戏中最为强大的感情调动场景就是老斯内克在玩家的操作（激励）下爬过微波通道的那个片断。斯内克在这个过程中生命力必然会耗尽，但他没有停止动作，玩家可以看到这时候已经没有体力支撑的斯内克，完全是在顽强的依赖着一点点也在逐步消失的心理力量强撑着前进。同时在上半个屏幕里，他的朋友们都在做着绝望的抵抗，明显小岛要传达给玩家的信息是：除非斯内克能够带着MkIII挺过长长的微波通道，否则外面的人的一切努力，甚至是生命，都将是白费。当MkIII重于把病毒输入了GW，并隔离控制了其他所有的AI核心。这不是斯内克一群人所期望的目标，但这恰恰是他的老对手，Ocelot--Liquid的目标。

　　最后的对决实在只是对这对老对手在系列中历次交战的一个总结，Ocelot最终在死去的前一刻短暂的恢复了自己的意识，当他用在MGS3熟悉的那个手势告诉斯内克你干得不错的时候，这个一直以来忍辱负重为了自由的目标走过了太多的辛苦的爱国者的形象，也得到了完满的终结。他在战斗中关于不除去阳光，试图赶走阴影就总是徒劳的表述，也可以看成是对游戏所有章节标题的注解。

　　终章，Naked Sin，这个玩笑开的不比当年雷电代替斯内克来的小。顺着预告片和游戏过场交待一步一步走下来，墓园的枪声对所有思维正常的玩家而言，应该都是意味着斯内克的死亡的。可是小岛在这里再次嘲笑了我们的直线思维，斯内克没有勇气吃下这个枪子，好在他也不用吃，他成不了Naomi预言中的大规模杀伤性生化武器。Big Boss带着已经等同于植物人的Zero出现在斯内克--或者说应该是出现在玩家面前。在之后整个Big Boss解释故事背景的过程中，斯内克如同被抽了魂一样几乎没有动作，没有表情，没有语言。我想这时候屏幕前的玩家应该也是几乎同样的状态--只要你看得懂他在说什么。那段关于0怎么突变成1，1又如何依赖于O而不断增值的话恍若道家玄学一般，但用来解释人物最终的命运倒也套的进去。我欣赏Big Boss最后对于他的导师的理想的解读，如果真有一个人依此来影响世界，我甚至有些期待。斯内克最后终于回过神来想起来给自己的父亲兼兄长的Big Boss点雪茄的动作相当感人，不知道还有什么更好的方法来表现这个内心积攒了太多情绪但却又从来不懂宣泄的硬汉此时的感受。最初的罪恶都已经消逝，留下的人们面对着崭新的未来，麦箩和Akiba的婚礼，雷电和Rose的复合（MGS系列欠雷电很多，MGS的玩家也欠这个人物很多，我为他最终得回完整的身体完整的家庭证明自己能够给后代给世界留下些什么而高兴），Sunny克服了口吃和宅的阴影开始接受外部世界，一切活下去的人，都将重新开始自由而美好的生活。

　　我依然痴心的想知道斯内克剩下的几个月生命将如何度过，这位传奇英雄最后的时刻，身边会有谁陪伴，他的故事，将如何在新的世界上流传。

怎样的爱国者

　　MGS每一作都试图去探讨一些关于人生关于世界的深刻问题，MGS的每一个主要人物，小岛都试图赋予他真实的内心世界和生动的形象。MGS4除了前面说到的在美女与野兽上的大失败以外，基本继承了系列一贯的高度。

　　MGS中关于生存的意义战斗的意义的讨论，MGS2中关于认识自我影响世界的讨论，MGS3中关于忠诚与友情的讨论都从不同的侧面反映出MGS游戏对于这个世界和人类自身的思考。许多游戏会在一定程度上对这样类似的命题有所触及，但大多是停留在“引发思考”的层面上，这么做是明智的，首先以娱乐为目的的游戏未必能承载得起这么沉重的话题，其次真要展开讨论说出个谁对谁错不是那么容易，何况这样的问题也难说就有对错。但MGS的风格不同，他不但要挑起这些话题，还一定要讨论讨论，不但简单的说说，还一定要颠过来倒过去的说透。

　　所以MGS动辄上千页的剧本那不是没有来头的。

　　MGS4所讨论的第一个明显的话题，是战争经济和武器扩散。美女与野兽四个Boss的背景遭遇和雷电的背景故事都从属于这个大环境。游戏通过虚构了PMC这样的组织来向大家展示战争扩散的恐怖后果。从对爱国者AI的突变的描述中，我们可以看出小岛分明是在类比癌细胞之于正常人体的危害：Zero创建的爱国者AI起初是可以按照他的意图平稳运行的，但不经意之间AI发现了达成目的的捷径：全面依赖战争经济，自从那以后，战争经济便取代了其它所有的发展模式，成为了社会维持的唯一动力，正如同如果只为了细胞的增值，癌化是比其它任何方式都要快都要高效率的途径，但由此带来的后果却是身体所不能承受的。同样，这个虚构的未来世界也不能承受战争经济带来的恶劣后果：人们的心灵受到了极大的创伤，以至于需要纳米机器来维持。Akiba在游戏的绝大部分时间里都是个笑话，不过他的遭遇却明确地指出：在那样一个世界里，如果你胆小拒绝注射纳米机器，你连基本的生理活动都无法保持正常。武器扩散和全面的代理战争导致了战区人民心理的创伤，为了隐藏这些沉痛的创伤生活下去，过度的喜怒哀怖统治着一部分人，他们的心灵已经是破碎的，只是依赖技术的外衣强制聚合在一起，但这依然无法阻止他们向外界哭喊出自己的悲情。美女与野兽组四个Boss喜怒哀怖的扭曲表现真实的反映着战争给人类带来的伤害。